År 862 blev Balduin Bras-de-Fer, en svärson till kejsar Karl II första greve över Flandern. I och med delningen av Frankerriket på 800-talet hamnade Flandern under fransk intressesfär. Dess grevar fick ändå nästintill självständighet. På 1000-talet expanderade man åt öster. På 1100-talet dog ätten av grevar ut. Därför blev 1191 greven av Hainaut greve över Flandern, och områdena enades därmed.

Städerna Gent, Brygge och Ypern var under långa perioder relativt självständiga. Att de kunde vara det berodde bl.a. på att de hade ylle- linindustri i kombination med omfattande handel. Detta varade till det tidiga 1300-talet, då frankerna successivt annekterade områdena, bland annat som följd av pesten, hundraårskriget och förändrade handelsmönster.

Vid de gyllene sporrarnas slag den 11 juli 1302 slog de flamländska städerna tillbaka den franska adeln, när den franske kungen ville visa vem som bestämde i området. Den 11 juli blev sedan Flanderns egen nationaldag, vid sidan av Belgiens nationaldag den 21 juli.

1384 gavs Flandern till Hertigen av Bourgogne. Detta medförde att området blev huset Habsburgs från 1477 och från år 1556 spanskt. De västra områdena blev emellertid franska genom avtal och krig 1659, 1668 och 1678.