Fram till och med 1700-talet fanns det inte någon befälhavare över garnisonen, utan varje regements/förbandschef förde befäl över sin enhet. Den 20 oktober 1790 inrättade Gustav III:s regering en särskild befattning - ”Kungl Maj:ts tjänstgörande Generaladjutant”. Generaladjutanten fick även en funktion som högsta befälhavare över förbanden inom garnisonen. Generaladjutanten utnämndes genom Konungen bland övriga generaladjutanter och tjänstgjorde till en början en vecka och med tiden för längre tidsperioder.
Övrigt
Garnisonen leddes fram till 1926 av överkommendanten i Stockholm, och består sedan 2006 av Karlbergs slott samt Kavallerikasernen och Bastionen, båda bredvid varandra vid Lidingövägen på Östermalm.