Regementet har sitt ursprung i de ingenjörkompanier ur Svea- och Göta ingenjör vilka 1902 organiserades vid Norrbottens regemente i Notviken utanför Luleå. Årligen utbildades ett ingenjörkompani på Notviksheden och under höstarna repetitionsövades ett ingenjörkompani. 1904 flyttades ingenjörutbildningen till nya kaserner i Boden. Dessa kompanier blev självständiga 1904 som Bodens ingenjörkår och fick förbandsbeteckningen Ing 4. 1 augusti 1908 lämnades den tillfälliga förläggningen vid Boden-Karlsborgs artilleriregementes norra kasern och kasernområdet på Kårbacken togs i bruk. Bodens ingenjörkår fick den nya beteckningen Ing 3 år 1937 och omorganiserades till ett regemente 1975 och bytte namn till Bodens ingenjörregemente.

Ingenjörkårens uppgifter var från början helt avhängigt till behovet av ingenjörtrupp i Bodens fästning och ingick från 1907 i Bodens besättningstrupper under kommendanten i Bodens fästning. Förutom fästningsingenjörtjänst bedrevs periodvis från 1910 utbildning i signaltjänst vid ett kompani inom ingenjörkåren, men åren 1915 till 1925 vid kåren förlagt, detachement ur Fälttelegrafkåren (Ing 3). Strax före första världskriget hade även fästningsballongtjänst införts som utbildningslinje, som efter 1925 överfördes till artilleriet.