Kyrkoherden i storkyrkoförsamlingen utnämdes 1682 till amiralitetssuperintendent i Karlskrona, och ett amiralitetskonsistorium upprättades. Ända till 1826 var samtliga kyrkoherdar i storkyrkoförsamlingen tillika amiralitetssuperintendenter. Amiralitetskonsistoriets åliggande överflyttades 1826 till Lunds domkapitel.

1685-11-22 invigdes storkyrkoförsamlingens kyrka, en träkyrka kallad Hedvig Eleonora. 1744 stod en ny kyrka färdig, Fredrikskyrkan, och den gamla kyrkan revs. Storkyrkoförsamlingen och tyska församlingen förenades genom kungliga beslut 1838-07-13 och 1839-06-21 till en församling. För att vidta de åtgärder som krävdes för tillsättande av kyrkoherde i de förenade församlingarna utsågs 1846 ett interimskyrkoråd. De ordinarie kyrkoråden inom respektive församling fortsatte under tiden sitt arbete. Först sedan Kungl. Maj:t utnämt kyrkoherde i den nya församlingen, som benämdes stadsförsamlingen, skedde sammanläggningen 1848-01-01. Härmed fick stadsförsamlingen två kyrkor, dels storkyrkoförsamlingens Fredrikskyrkan, dels tyska församlingens Trefaldighetskyrkan.

Begravningsplatsen på Vämö användes av både stads- och amiralitetsförsamlingen och man måste därför finna former för samarbete. På uppmaning av drätselkomissionen utsåg stadtsförsamlingens sockenstämma 1852-06-11§ 2 tre sakkunninga som jämte lika många från amiralitetsförsamlingen skulle utse en sjunde person till ordförande och sedan samråda i dessa frågor. Frågan om en särskild kyrkogårdsstyrelse gemensam för stads- och amiralitetsförsamlingarna diskuterades vid flera tillfällen, t.ex. i gemensam kyrkostämma 1871-01-09, i kyrkorådet 1881-10-16 och 1882-12-19, men en sådan styrelse dröjde. Enligt ordningsstadga för begravningar på allmänna kyrkogården på Vämö tillkom tillsynen stadsförsamlingens kyrkoråd. Då särskilda insatser krävdes tillsattes kommittéer. På gemensam kyrkostämma i stads- och amiralitetsförsamlingen 1875-05-08 tillsattes en kommitté för avgivande av förslag till ny gemensam begravningsplats på Vämö. Dess förslag antogs 1879-01-09 av gemensam kyrkostämma, vilken samma dag utsåg sex personer, ”Komitterade för nya begravningsplatsen på Vämö”, för att verkställa beslutet. Sedan den nya begravningsplatsen besiktigats (jmf. protokoll vid gemensam kyrkostämma 1881-09-05), var komittéens uppdrag slutfört. Dess sista protokoll är daterat 1882-02-08. Vid gemensam kyrkostämma 1889-05-09 utsågs på nytt en komitté för begravningsplatsen ”för verkställande av beslutad utvidgning”. Denna komitté sammanträdde för första gången 1898-05-12.

Församlingens skolråd, vilket 1863 avlöst skolstyrelsen, utsåg 1883 en särskild fruntimmersstyrelse för slöjdundervisningen vid stadsförsamlingens flickskola (Se serie K5) . I Karlskrona fanns även skolor som inte var knutna till församlingarna. 1840-1894 ledde en särskild nämnd, utsedd av fattigvårdsdirektionen respektive fattigvårdsstyrelsen, samt hantverksföreningen den så kallade söndagsskolan, vilken var föranledd av en donation. 1856 stiftades en lärlings- och yrkesskola, kallad slöjdskolan, av borgerskapets äldste. Denna leddes av en styrelse och 1890 ändrades dess namn till slöjd- och tekniska skolan. I stadsförsamlingens arkiv har påträffats ett par orginalhandlingar tillhörande styrelsen för slöjdskolan respektive nämnden för söndagsskolan. De har placerats i serie Ö, eftersom styrelsens och nämndens handlingar i övrigt inte återfunnits.

Under seriesignum Ö förvaras även ett fåtal handlingar rörande det första länslasarettet i Blekinge, beläget i Karlskrona. Det rör sig enbart om handlingar rörande de tomter som lasarettet förfogade över, främst åtkomsthandlingar. Det första lasarettet inrättades 1797 av Serafimerordensgillet. Från 1841 drevs det av en särskild lasarettsdirektion. I slutet av 1800- talet byggdes ett nytt större lasarett i Karlskrona på en annan plats och det gamla lasarettet såldes därvid 1893 till stadsförsamlingen för att användas till skola. I samband härmed kom dessa handlingar jämte en del kartor över de tomter det gällde i stadsförsamlingens förvar. Kartorna förvaras i lands arkivets kart- och ritsamling. Serafimerordensgillet och lasarettsdirektionens arkiv har inte påträffats. Karlskrona Frivilliga Fattigvårdsförening (serie P4) bildades 1895 som ett församlingens komplement till den legala fattigvården.

1862-12-13 utsåg kyrkostämman med stadens hus- och tomtägare en kyrkobyggnadsstyrelse (se serie K 5) att handha kyrkoreparations-, pastorboställs- och folkskolehusangelägenheterna. Bestyrelsen skulle bestå av fem av stadens hus- och tomtägare. Denna bestyrelse upplöstes i och med utgången av år 1872, varvid kyrkorådet övertog ärendena rörande kyrka och pastorsboställe och skolrådet ärende rörande folkskolebyggnaden ( kyrkorådets protokoll 1872-12-20 paragraf 6). 1876-10-06 beslöt kyrkostämman med stadsförsamlingens röstägande medlemmar och stadens hus- och tomtägare att sammanslå enskilda kyrkokassan, kyrkoreparations- och pastorsboställskassorna till en gemensam kassa under namn av stadsförsamlingens kyrkokassa samt sammanslå folkskolebyggnadskassan och folkskolekassan till en kassa, vilka kassor av var sin kassör skulle bokföras.